La formación de este prestigioso plantel educativo se inició con una sociedad integrada por el Lic. Alfredo Almenárez Barros, el Dr. Mario Gómez Gómez y el Dr. Pedro Guido Baena, quienes a su vez fueron miembros del Club Rotario de Santa Marta.
En la mente de estas tres ilustres figuras, surgió la idea de fundar un colegio para ayudar a la formación de los jóvenes samarios y fue así como empezaron los trámites con la compra de la sede de la Escuela Bavaria y lotes aledaños frente a la avenida de los estudiantes. Después de realizada la negociación con una empresa inmobiliaria de Bogotá, se iniciaron las actividades para la creación y fundación del Colegio Ateneo Moderno, cuyo nombre tiene origen en los principios inmanentes de la Atenas griega y los buenos principios de la civilización moderna.
El primer lunes de febrero del año 1970, se vieron cristalizados todos los esfuerzos con la iniciación de labores de la sección primaria, que posteriormente fue aprobada el día 27 de octubre de 1971, según la resolución 6072. El ciclo básica secundaria y el nivel media académica fueron aprobados por Resolución Ministerial Nº 13826 de noviembre 24 de 1977, una vez cumplidas las exigencias de la legislación colombiana especialmente en lo que se refiere a la planta física, aulas, biblioteca, laboratorios, etc. El 18 de agosto de cada año quedó establecido como fecha de aniversario del colegio Ateneo Moderno, ya que coincide con el cumpleaños de su fundador Alfredo Almenarez Barros proposición elevada a las directivas del colegio por la promoción del año 1977.
A este proceso histórico de transformaciones al servicio de la educación samaria y magdalenense estuvo vinculado desde 1972 al 2012 como uno de los pilares indiscutibles de la vida ateneísta el Lic. Otto Saumet Ríos, quien con su arduo trabajo supo mantener vigente como rector, el legado del maestro Almenárez Barros.
Con el proyecto educativo Ateneo Moderno “Un nuevo colegio para el siglo XXI” la institución inicia un proceso delineado por la Ruta de la Calidad 2014 – 2016; cuya finalidad es cumplir la misión y la visión institucional con altos estándares de eficacia y eficiencia en el servicio educativo que hoy se ofrece a la comunidad. La Ruta de la Calidad exige procesos de mejoramiento continuo en distintas áreas de la gestión educativa, con el propósito de preparar a sus estudiantes en el ejercicio de las competencias pedagógicas evaluadas por las pruebas Saber diseñadas por el ICFES. Las mejoras en capacitación y evaluación del recurso humano le han permitido a la institución incrementar su nivel académico y pedagógico, logros resaltados por importantes empresas como Ecopetrol en el otorgamiento de becas a estudiantes destacados y el Ministerio de Educación Nacional a través del programa “Supérate con el Saber”.
El Ateneo Moderno no se ha limitado a la enseñanza intelectual tradicional, su objetivo ha sido siempre la educación humanizante que contribuya al desarrollo global de la persona: cuerpo y mente, inteligencia, sensibilidad, sentido estético, responsabilidad individual y espiritualidad, en este sentido ratifica nuestro lema “solo con exigencia académica y disciplinaria se alcanza la excelencia”
En la actualidad la institución cuenta con más del 35% de sus estudiantes de último grado clasificados entre los 100 primeros del país, obteniendo nivel Superior según la prueba Saber. Estos resultados como los obtenidos en la prueba Supérate con el Saber, donde se destacaron decenas de estudiantes a nivel regional y nacional, posibilita la continua profundización en preparar y posicionar nuestros estudiantes entre los mejores de la ciudad y del país.
A través de los años el colegio ha evolucionado positivamente y su progreso se pone en evidencia al observar hoy en día sus egresados, entre las cuales hasta la fecha se encuentran profesionales con un amplio reconocimiento a nivel local, regional y nacional; así como también la inversión financiera con el fin de remodelar su planta física, de la cual vale la pena citar las cómodas aulas, moderna sala de audiovisuales, sala de informática con computadores de última generación, con sistema de wi-fi, biblioteca, ludoteca, laboratorios integrado de física y de química, laboratorio de idioma extranjero, enfermería, sala de docentes, sala de coordinadores, tienda escolar y departamento de psicología, entre otros.